Geologer og hydrologer har klassifisert innsjøer på grunnlag av termisk stratifisering. Termisk stratifisering er prosessen med å dele vannet i innsjøene i lag med hvert lag som har unike egenskaper som forandringer i vanntemperatur og tetthet. Ved bruk av denne klassifiseringen kan innsjøene deles inn i tre hovedkategorier: holomiktiske innsjøer, meromiktiske innsjøer og amiktiske innsjøer.
Holomictic Lakes
Holomiktiske innsjøer har samme tetthet og temperatur uansett dybde i en bestemt periode på året. Flertallet av innsjøene i verden er holomiktiske. Holomiktiske innsjøer finnes i tre forskjellige typer, og de inkluderer monomiktiske innsjøer, dimiktiske innsjøer og polymiktiske innsjøer.
Monomiktiske innsjøer
Monomiktiske innsjøer er holomiktiske og dets vann blander fra toppen til bunnen av sjøen i en blandingsperiode per år. Monomiktiske innsjøer kan videre deles inn i to som består av kalde monomiktiske innsjøer og varme monomiktiske innsjøer. Noen eksempler på monomiktiske innsjøer inkluderer; Lake Turkana, Galileahavet, Okanagan Lake og Titicaca-sjøen.
Dimictic Lakes
Dimictic innsjøer er typen holomictic innsjøer som blander vann fra toppen til bunnen av innsjøen i to blandingsperioder hvert år. Dimictic Lakes finnes i tempererte områder og dekkes av is om vinteren. Om sommeren lagres innsjøene termisk, slik at det varme overflatevannet skilles fra det relativt kaldere vannet under. Vannet blander seg om vår og høst, noe som resulterer i at innsjøene er isotermiske.
Polymiktiske innsjøer
Polymiktiske innsjøer er holomiktiske og har grunt vann med liten dybde som hindrer utviklingen av termisk stratifisering i innsjøene, og derfor blander vannet uansett årstid. Polymiktiske innsjøer kan deles inn i to forskjellige typer som er temperaturdefinerte: varme polymiktiske innsjøer og kolde polymiktiske innsjøer.
Meromictic Lakes
Den andre klassifiseringen av innsjøer basert på termisk stratifisering er meromiktisk. Meromiktiske innsjøer har lag med vann som ikke blander seg. På grunn av fraværet av blandingen av vannet inneholder bunnlaget av innsjøen ikke oppløst oksygen og er derfor stort sett blottet for livet unntatt de lilla svovelbakteriene. På grunn av mangelen på forstyrrelser på sedimentlaget som finnes på bunnen av slike innsjøer, fører det også til dannelsen av lacustrine varves. Vannet til meromiktiske innsjøer er delt inn i tre lag, og topplaget er blandingolimnionen mens bunnlaget er kjent som monimolimnion. Laget mellom de to er kjent som kjemoklinen. Meromiktiske innsjøer er få i verden sammenlignet med holomiktiske innsjøer, med noen eksempler som Tanganyika-sjøen, Kivu-innsjøen, Kaptai-sjøen, Maneter Lake, Lake Cadagno, Great Salt Lake og Lower Mystic Lake.
Amiktiske innsjøer
Amiktiske innsjøer har vann hvis overflate er dekket av is gjennom hele året, noe som forhindrer blanding av vannet under, og tillater derfor at slike innsjøer utviser invers kaldvannsstratifisering der vanntemperaturen øker med økning i dybden. På grunn av de ekstreme kulde temperaturene som karakteriserer amiktiske innsjøer, finnes slike innsjøer bare i polarområdene både i Arktis og i Antarktis. Det finnes også noen få amiktiske innsjøer i Grønland. Et eksempel på en amiktisk innsjø er innsjøen Vanda funnet i Antarktis.
