Ifølge Malaysias undersøkelsesavdeling og kartlegging, består nasjonen av 878-øyer. 394 av disse øyene er en del av delstaten Sabah. Landet har også 510 offshore geografiske trekk som ikke er kategorisert som øyer, som åser, sandbanker eller bergarter. De fleste av Sabahs øyene er navngitt, men et betydelig antall øyer forblir uten navn.
Øyer større enn 250,000 Square km i området
Borneo
Selv om øya Borneo ikke er fullt opptatt av Malaysia, er det det største territoriet på en øy som er en del av Malaysia. Om 26% av øyas område er okkupert av de malaysiske statene Sabah og Sarawak. Bare 1% av øyas område tilhører nasjonen Brunei, mens resten av øya Borneo er en del av Indonesia. Sabah ligger på øyas nordlige del og grenser til Indonesias Kalimantan og Malaysias Sarawak i henholdsvis sør og sørvest. Sarawak ligger på øyas nordvestlige del og er kantet av Sabah og Kalimantan til henholdsvis nordøst og sør. Den uavhengige staten Brunei grenser Sarawak i nord.
Sebatik Island
Som Borneo deles Sebatik Island også av ulike politiske enheter. Øya er delt inn i indonesiske og malaysiske territorier. Øya ligger ca 1 km utenfor Borneos østkyst og har et område på 452.2 kvadratkilometer. Sebatik øys nordlige del er en del av den malaysiske staten Sabah og har en befolkning på rundt 25,000 mennesker. Den sørlige delen av øya er en del av Indonesias nordkalimantan og har en befolkning på omtrent 80,000 mennesker.
Øyer større enn 200 Square km i området
Banggi Island
Banggi Island ligger i nærheten av Marudu Bay og utenfor Sabahs nordkyst, en malaysisk øy som er en del av delstaten Sabahs Kudat-divisjon. Det er den største øya som utelukkende er okkupert av Malaysia, og har et område på 440.7 kvadratkilometer. Øya har en befolkning på 30,000 mennesker.
Bruit Island
Ligger i Rejang Delta, er den malaysiske øya Bruit en del av staten Sarawak. Øya har en befolkning på omtrent 30,000 mennesker, og er den nest største øya som utelukkende er okkupert av Malaysia. To fergepunkter forbinder øya med fastlandet Malaysia og andre øyer. Flere fiskebyer prikker Bruits kyst, den største er Kampung Semop.
Langkawi
Langkawi er en malaysisk skjærgård som ligger i Andamanhavet, om 30 km utenfor kysten av fastlandet Malaysia. Øya Langkawi er en del av den malaysiske staten Kedah. Den største øya i øygruppen er Langkawi-øya, som har en befolkning på 64,792-folk. Av øygruppen 99-øyer er bare fire bebodd. I tillegg til Langkawi, omfatter de andre bebodde øyene Dayang Bunting, Rebak og Tuba. Skjærgårds samlede befolkning handler om 99,000-folk og er et populært turistmål gitt sin mengde naturlige og menneskeskapte attraksjoner.
Penang Island
Med et område på 293 kvadratkilometer er Penang Island den fjerde største øya som utelukkende er okkupert av Malaysia. Øya er hjemsted for George Town, den mest folkerike øya byen, og den nest mest befolket malaysiske byen. Øya har en befolkning på rundt 738,500 og en befolkningstetthet på ca. 2,372 personer per kvadratkilometer. Penang-stredet skiller øya fra den malayiske halvøya.
I tillegg til øyene nevnt ovenfor har Malaysia flere øyer mindre enn 200 kvadratkilometer. Eksempler på disse øyene er Aman (Penang), Sipadan (Sabah), Malakka (Melaka) og Rawa (Johor).
